CUTANA™ ATAC-seq Kit는 세포 내의 열린 염색질(Open Chromatin) 영역을 Genome-wide 수준에서 분석하기 위한 차세대 염색질 접근성 분석 키트입니다.
이 키트는 기존 ATAC-seq 실험 방식 중 표준으로 쓰이는 Omni-ATAC 프로토콜을 기반으로 최적화되어 있어, 더 적은 세포 수로도 높은 재현성과 신뢰도 높은 데이터를 얻을 수 있도록 설계되었습니다.
1. 온전한 핵 분리 (Intact nuclei isolation)
전체 세포 집단(Bulk cells)에서 핵을 추출합니다. 성공적인 ATAC-seq 반응을 위해서는 고품질의 샘플 준비가 필수적입니다. 입력 샘플의 품질과 정확한 세포/핵 수 측정을 확인하기 위한 상세한 품질 검사(QC) 단계가 포함되어 있습니다.
2. Tn5 매개 태그멘테이션 및 DNA 정제 (Tn5-mediated tagmentation and DNA cleanup)
어댑터가 결합된 Tn5 효소가 유전체 내 열린 DNA를 절단(Tagmentation)하고 양 끝에 시퀀싱 어댑터를 붙입니다. 태그멘테이션된 DNA는 CUTANA DNA Purification Beads를 사용해 사용자 친화적인 방식으로 정제됩니다.
3. 인덱싱 PCR 및 라이브러리 정제 (Indexing PCR and library cleanup)
태그멘테이션된 DNA는 CUTANA Nextera-Compatible Primers (#14-1190-24rxn)를 사용하여 PCR로 증폭되며, CUTANA DNA Purification Beads로 다시 정제됩니다. 이 키트를 통해 시퀀싱 시 멀티플렉싱이 가능한 최대 24개의 고유 바코드가 부여된 라이브러리를 생성할 수 있습니다.
4. 라이브러리 품질 분석 및 Illumina® 차세대 시퀀싱 (Library quality analysis and Illumina® next-generation sequencing)
정제된 라이브러리는 Agilent Bioanalyzer® 또는 TapeStation®을 통해 조각 크기 분포(Fragment size distribution)를 평가하고 라이브러리 농도를 결정합니다.
주요 제품
| Cat. No. |
Product |
Size |
| 14-1121-24rxn |
CUTANA™ ATAC-seq Kit |
24 Reactions |
| 14-1190-24rxn |
CUTANA™
Nextera-Compatible CDI Primer Set 1 |
24 Reactions |
| 15-1036-25uL |
CUTANA™ Tn5
Transposome |
25 µL |
| 15-1036-125uL |
CUTANA™ Tn5
Transposome |
125 µL |
| 15-1036-625uL |
CUTANA™ Tn5
Transposome |
625 µL |
* 세포에서 라이브러리 제작까지 원스톱으로 진행하기 위해서는 CUTANA™ ATAC-seq Kit (#14-1121)와 함께 반드시 CUTANA™ Nextera-Compatible CDI Primer Set 1 (#14-1190)을 구매하셔야 합니다.
* Tn5 효소는 효소 활성이 깨지기 쉽기 때문에 반드시 -80도에서 보관하여야 합니다.
CUTANA™ ATAC-seq Kit (#14-1121) 구성품
| Item | Cat. No. |
| CUTANA™ Tn5 Transposome | 15-1036-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 8-strip tubes | 10-0009-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 10X PBS | 21-1035-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit Stop Solution | 21-1036-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit DNA Purification Beads | 21-1407-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 0.1X TE Buffer | 21-1025-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 10X Wash Buffer | 21-1037-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 10% Tween-20 | 21-1038-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit Lysis Buffer | 21-1039-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 2X Tagmentation Buffer | 21-1040-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit Enzyme Diluent | 21-1041-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit Non-Hot Start 2X PCR Master Mix | 15-1018-12 |
| CUTANA™ ATAC-seq Kit 5% Digitonin | 21-1004-12 |
CUTANA™ Nextera-Compatible CDI Primer Set 1 (#14-1190)
- ATAC-seq 및 CUT&Tag 워크플로우에서 인덱싱이 완료되어 시퀀싱 준비가 끝난 라이브러리를 생성할 수 있도록 전용으로 제작된 조합형 듀얼 인덱스(Combinatorial Dual-Index, CDI) 프라이머 세트 입니다.
- 이 프라이머는 프로토콜 변경 없이 CUTANA™ ATAC-seq 및 CUTANA™ CUT&Tag 분석 실험에 즉시 적용할 수 있는 상태로 공급됩니다.
- 이 세트는 4개의 i5 인덱스와 6개의 i7 인덱스를 포함하고 있어, 세트당 총 24개의 조합형 듀얼 인덱스 라이브러리를 생성할 수 있습니다.
- Tn5로 생성된 라이브러리 및 표준 Illumina 시퀀싱과 완벽하게 호환됩니다.
CUTANA™ Tn5 Transposome (#15-1036)
- ATAC-seq 태그멘테이션에 즉시 사용 가능하도록 어댑터가 미리 결합된(Pre-charged) Tn5 Transposome 입니다.
- Omni-ATAC 프로토콜과 호환됩니다.
- 분리된 핵으로부터 염색질 접근성 프로파일링을 수행할 때 권장됩니다.
- 신선한 핵(Fresh nuclei) 샘플을 사용하여 로트(Lot)별 성능 검증이 완료되었습니다.
K562 세포 핵을 대상으로 CUTANA™ ATAC-seq Kit를 사용해 ATAC-seq을 수행하고 CUTANA Cloud ATAC-seq 파이프라인으로 분석한 데이터입니다. 이 분석법은 실험 수행자나 실험 날짜가 달라져도 ENCODE 참조 데이터 기준을 충족하거나 이를 넘어서는 재현성 높은 데이터를 제공합니다. ENCODE K562 ATAC-seq 데이터(GSE170214)와 비교한 3회의 실험 결과(수행자 2명, 3일에 걸쳐 진행)가 제시되어 있습니다.
CUTANA™ ATAC-seq Kit를 사용하여 K562 핵에 대해 수행한 ATAC-seq은 50,000개부터 1,000개까지의 핵 입력 희석(Titration) 전반에 걸쳐 고품질 데이터를 생성합니다. 데이터는 CUTANA Cloud ATAC-seq 파이프라인으로 분석되었습니다.
CUTANA™ ATAC-seq Kit 또는 경쟁사 A(Competitor A)의 키트를 사용하여 K562 핵을 대상으로 50,000개부터 1,000개까지 입력 희석(Titration)을 진행하며 수행한 ATAC-seq 결과를 CUTANA Cloud ATAC-seq 파이프라인으로 분석했습니다. 분석 결과, CUTANA™ Kit는 모든 입력량 범위에서 고품질 데이터를 유지한 반면, 경쟁사 A는 샘플 양이 적어짐에 따라 성능이 급격히 저하되는 것으로 나타났습니다.